آغاز زمامداری

وی خود را از دودمان بهرام چوبین می‌دانست و در راه زنده نگاه داشتن زبان فارسی تلاش زیادی نمود.

اسماعیل از سوی برادر بزرگترش نصر که نماینده و زمامدار خلیفه بغداد در خراسان به پایتختی سمرقند بود، به زمامداری بخارا گماشته شد. بدلیل کردار نیکویش بزودی مردم زیادی را بخود جلب کرد. هنگامی که بر سر بخش نمودن مالیات، نصر با وی دچار اختلاف شد، در برابرش برخاست و پیروز گشت. با وجود کامیابی رفتار بزرگوارانه‌ای با او داشت و حتی پس از نبرد با پیاده شدن از اسب بر پای برادر بوسه زد و برادر کوچکترش اسحاق را بدلیل پیاده نشدن از اسب در مقابل نصر سرزنش نمود. اسماعیل زمامداری سمرقند را دوباره به نصر سپرد.

رویارویی با یعقوب لیث صفاری

پس از مرگ نصر که از دیدگاه حکومت عباسی نماینده خراسان بشمار می‌آمد، یعقوب لیث صفاری که در پی گسترش شاهنشاهی خود بر ضد تازیان بود، به فرارود چشم دوخت. در جنگی کهیعقوب لیث صفاری با اسماعیل راه انداخت، اسماعیل پیروز گشت. اسماعیل تمام سربازان یعقوب را بدون درخواست غرامت آزاد ساخت.

و انگشتری را که یکی از سربازانش از یعقوب غنیمت گرفته بود را ۳۰۰۰ درهم خرید و به یعقوب بازگرداند.

اسماعیل چون می‌دانست معتضد عباسی خواهان به چنگ آوردن یعقوب است، اما خواهان تحویلش به معتضد نبود، پس از جنگ سپاهش را به فرارود بازگرداند و تنها ۳۰ سرباز را بطور نمایشی برای بازداشت یعقوب در سیستان نگاه داشت تا بدین وسیله خاندانش بتوانند وی را برهانانند اما پس از گذشت یک ماه هیچ کس نیامد و اسماعیل برای جلوگیری از بهانه‌جویی خلیفه بغداد مجبور شد یعقوب را به جانب فرارود فراخواند.

یعقوب پس از ناامیدی از خاندانش چنین گفت:

من بر سر پادشاهان چون استاد بودم بر سر کودکان، چون کودکان از دست استاد رهایی یابند کی خواهند که باز آنجا باید نشست

رفتار زمان زمامداری

اسماعیل با همگان رفتاری بس نیکو داشت. در گاه زمستان سوار بر اسب به میان مردم می‌رفت تا اگر کسی گلایه‌ای دارد به وی بگوید. روزی درمرو شتری را در کشتزاری دید که آسیبی به آن زده بود. دستور داد تا دارندهٔ را بیابند و خسارت کشتزار را از وی ستانده و به کشاورز بدهند. چون آگاهی پیدا شد که شتر از آن خود شاه است، مبلغی بیشتر از خسارت به کشاورز داد.

البته اسماعیل در نبردی شمار زیادی از مردم شهر طراز را کشت و ۱۰ تا ۱۵ هزار از ایشان را اسیر نمود.

وی علاقه زیادی به گسترش زبان فارسی داشت و با وجود داشتن سپاه کافی برای یورش به بغداد، این کار را نکرد و با حفظ آرامش بیشتر در گسترهٔ زمامداریش تلاش نمود فارسی را گسترش دهد.

اسماعیل همچنین یک سد دفاعی متشکل از سپاهیانش در مرزهای خاوری ایران برای جلوگیری از یورش ترکان ایجاد نمود که تا سال‌ها پس از وی پابرجابود.

اسماعیل در آبان سال ۲۸۶ در اثر بیماری درگذشت و در بخارا در آرامگاه ویژه‌ای بخاک سپرده شد.

پسرش احمد جانشین وی گشت.

اسماعیل در دیدگاه دیگران 

اسماعیل بدلیل کردار بزرگمنشانه اش مورد ستایش نویسندگان و چکامه‌سرایان بسیاری بوده است.

برتولد اشپولر، درباره وی چنین می‌گوید:

تمدن و فرهنگ ایران بی نهایت مدیون او و خاندانش است و هنوز هم باید عمل و رفتار او و جانشینانش را به عنوان مشوق دانش و هنر مدنظر قرار داد.

قبای خسروی در بر، نیابد هرکسی را خوش		سر هر ناسزایی را نزیبد تاج سلطانی
صلاح ملک اگر خواهی، بیاموز ای شه عالم		طریق پادشاهی را ز اسماعیل سامانی

اسماعیل سامانی ان نامدار		همی بود در سروری کامکار
همان دولتش شانزده سال شد		ز دور سپهری دگر حال شد
پیام امد از مرگ نزدیک او		سوی دار باقی دراورد رو
دو صد با نود بود و تاریخ پنج		که بربست از سرای سپنج
ازو ماند نام نکو یادگار		خنگ جان ان مهتر نامدار

امروزه 

در تاجیکستان اسماعیل سامانی را بنیانگذار تاجیکستان برمی‌شمارند و بنای یادبود اسماعیل سامانی در دوشنبه، از نمادهای این کشور است. مهم‌ترین جایزهٔ علمی این کشور نیز به نام اسماعیل سامانی، برابر ۲ هزار دلار آمریکایی است.

همچنین بلندترین کوه تاجیکستان که تا پیش از فروپاشی شوروی قله کمونیسم نام داشت، پس از استقلال تاجیکستان به نام وی نامگذاری شده است.